Die grundlegende Simulation zur Ausbreitung von Infektionskrankheiten ist damit eigentlich schon vollständig beschrieben. Allerdings muss noch geklärt werden, wie das Spielfeld zum Beginn der Simulation konfiguriert wird. Auch hierzu führen wir zwei Kennzahlen ein: Dichte der Population
sowie der Anteil der infizierten Individuen
Unter Verwendung dieser Kennzahlen wird die Startkonfiguration folgendermaßen definiert: Jede Zelle wird mit einer Wahrscheinlichkeit von durch ein Individuum belegt. Alle Individuen wiederum sind mit einer Wahrscheinlichkeit von infiziert, wobei die Dauer bis zur Genesung grundsätzlich auf eine zufällige (ganze) Zahl zwischen und gesetzt wird. Dies bedeutet auch, dass zum Startzeitpunkt der Simulation (d.h. nach der Erstellung des Spielfeldes) noch keine genesenen Individuen vorhanden sind.